Il 25 aprile 1267 nacque ufficialmente S. Giacomo Maggiore con la posa della prima pietra.
Già fin dal 1247 una comunità di eremiti, fondati dal beato Giovanni Bono da Mantova sotto la regola di S. Agostino, detti Giamboniti, si era stabilita quasi a ridosso delle mura che cingevano allora Bologna (seconda cerchia, detta “del mille”) lungo il corso del Savena, ora deviato, in un luogo più o meno corrispondente all’attuale Villa Torri, lungo il viale Filopanti. Qui fondarono il loro monastero e la chiesa dedicata a S. Giacomo.
Nel 1256 Alessandro IV aveva riunito in un unico Ordine tutti gli eremiti che professavano la regola di S. Agostino, e così anche gli eremiti di S. Giacomo di Savena vennero a far parte del nuovo grande organismo detto “Ordine Eremitano di S. Agostino”, il cui primo generale fu Lanfranco Settala da Milano, giambonita, proveniente dalla comunità del Savena.
Il bisogno di apostolato, che era una finalità del nuovo istituto, ed anche i disagi di un luogo rivelatosi malsano e di non felice scelta, indussero ben presto gli eremiti del Savena a ricercare un luogo più adatto nell’interno della città. Ma trovarono gravi ostacoli specialmente da parte del clero e delle fazioni ghibelline, e solo nel 1267 poterono entrare in città per l’appoggio del papa e con l’autorizzazione del vescovo, pur ghibellino, Ottaviano II degli Ubaldini, nipote de “il Cardinale” (Inf. X, 120) e fratello dell’Arcivescovo Ruggieri (Inf. XXXIII, 14).
Cosi gli Eremitani cominciarono la loro fabbrica, ma i contrasti continuarono e i lavori andarono a rilento. Solo dopo il 1282, rafforzatasi la parte guelfa, di tendenza popolare e favorevole ai religiosi, i lavori presero un ritmo regolare anche per i vari e massicci finanziamenti che il Senato e la Massa del popolo destinarono alla fabbrica sia con elargizioni dirette sia con la riscossione delle gabelle alle porte di S. Donato e di S. Vitale. La prima di queste elargizioni fu deliberata il 27 aprile 1285, essendo capitano del popolo Corso Donati, anch’egli di memoria dantesca (Purg. XXIV, 82-90).
La chiesa fu terminata nel 1315, ma la sua consacrazione avvenne soltanto nel 1344.
L’annesso convento sin dalle sue origini assunse il ruolo di importante focolaio di cultura e fu lungo i secoli uno dei più insigni Studi Generali dell’Ordine. Già fin dal 1281 si decretava nel Capitolo generale degli Eremitani che i giovani di tutte le Provincie che volessero studiare fossero mandati a Parigi, a Bologna o a Padova; e nel 1306 fu celebrato in S. Giacomo il 46° Capitolo generale dell’Ordine.
Tra i nomi insigni che onorarono questo convento vanno ricordati: Ugolino Malebranche da Orvieto, Giacomo da Viterbo, il Cardinale Seripando (teologi), Cherubino Ghirardacci, Luigi Torelli (storici). Né vanno dimenticati coloro che lo illustrarono con la loro santità come Iacopo della Lana, Simone da Todi, Matteo da Rimini, Stefano Bellesini.
Nella vita della città la chiesa e il convento ebbero notevole importanza e furono spesso al centro di importanti vicende storiche anche per il fatto che S. Giacomo era una delle quattro chiese di quartiere in cui, per la grande capienza, si radunava il popolo nelle grandi occasioni cittadine. Particolare spicco ebbe al tempo della Signoria, quando i Bentivoglio la presero sotto particolare protezione; spicco che, per i vari patronati acquisiti nelle cappelle fin dai primi del 1500, non diminuì dopo la caduta dei Bentivoglio.
La decadenza invece cominciò nel 1700 e fu il crollo nel 1798 quando, con l’avvento napoleonico, gli Ordini religiosi furono soppressi. Gli Agostiniani furono allontanati, pur continuando ad officiare la chiesa come rettori e cappellani. Rientrarono, ma stremati dalla tempesta, nel 1824. Parte del loro convento tuttavia non fu più riconsegnato, essendo divenuto, fin dal 1804, sede del Liceo Filarmonico, che poi diventerà Conservatorio Musicale e che sarà onorato dalla attività di musicisti quali il P. Martini, il P. Mattei, Rossini, Donizetti, Respighi.
Gli Agostiniani furono poi definitivamente cacciati da S. Giacomo e i loro beni incamerati con l’avvento del Regno d’Italia, dopo il 1860 e le così dette leggi eversive. Furono però lasciati come custodi della chiesa e come tali restano tuttora.
Dell’antico convento rimangono parti notevoli, come i resti di un chiostro quattrocentesco (entrando al n. 42 di via S. Vitale), e soprattutto nel Conservatorio Musicale “G. B. Martini”, dove si possono ancora ammirare il chiostro settecentesco (già chiostro dei morti), lo scalone del Torreggiani, i grandi corridoi, il refettorio (ora palestra) e la biblioteca (ora Sala Bossi).